Bienvenue à PROXIMA 2A !
Une lumière pour la biologie et la micro-cristallographie.
PROXIMA 2A (PX2-A) est une ligne de lumière micro-foyer-X dédiée à la bio-cristallographie et aux innovations méthodologiques pour les microfaisceaux-X. Ouvert depuis 2013, les sujets traités vont au delà de la cristallographie standard des protéines et incluent la découvert des médicaments, la résolution de protéines membranaires, la virologie, la cristallographie des petites molécules, la diffraction-X des poudres et même la cristallurie. La ligne de lumière est extrêmement automatisée et conçue pour aider les scientifiques à s’attaquer aux cibles structuraux et aux systèmes biologiques les plus exigeants. L’énergie des rayons-X est facilement accordable sur une grande gamme (6 – 18 keV) et rend la plupart des seuils d’absorption accessibles pour des expériences en diffraction-X anomale. La station expérimentale est équipée d’un passeur d’échantillon de haute capacité (148 ports d’échantillon du type SPINE), un goniomètre-kappa de haute performance, un détecteur de fluorescence-X (KETEK) et un grand détecteur-bidimensionnel rapide de faible bruit et compteur de photons unique - l’EIGER X 9M (dont 238 images par second en mode 9M ou 750 images par second en mode 4M).
Voir aussi Biologie Santé : HelioBio
L'équipe
Nos derniers tweets
- Last week the CRIBLEUR reached another milestone with the successful data collection from crystals of the membrane… https://t.co/Jg8Yuv2xGZ
- Congratulations to Cristina Vega and her colleagues for publishing their crystal structure of IC3B-CR3 αI! Fernand… https://t.co/BtjYVmvEEE
- PROXIMA 2A passed a milestone last week with the release of its 500th PDB entry! One of these five structures from… https://t.co/HEgEdmZAMJ
- PX2-A PDBs 7ouk, 7oul & 7oum: Congratulations to Heng-Keat Tam and his colleagues for the publication of ArcB cryst… https://t.co/bB6N9tN0s2
Offres d'emploi
Post-doctorant (18 mois) - Developement des methodes de crystallographie en serie appliquées aux MOFs et POMs
Nous avons un contrat de 18-mois disponible immediatement pour un post-doctorant afin de participer aux developements des methodes de crystallographie en serie appliquées aux MOFs et POMs. Ce projet, qui est financé par l'ANR, est mené par la ligne de lumière PROXIMA 2 (Synchrotron SOLEIL) en collaboration avec l'IMAP (ENS, Paris) et l'ILV (University of Versailles Saint Quentin, Versailles). Il/elle travaillera à l’IMAP et sur la ligne de lumière PROXIMA 2, et il/elle sera placé(e) sous la responsabilité directe du directeur d’unité de l’IMAP (ENS, Paris).
Contacter William SHEPARD et voir le lien ci-dessous pour plus d'information.
Posters & Presentations
Poster - Mechanical Engineering Design of Synchrotron Radiation Equipment and Instrumentation (MEDSI 2018), 25-29 June 2018. Paris, France.
Poster - Biologie Structurale Integrative (BSI), 29 Nov - 03 Dec 2021, Paris-Saclay, France.
Webinar - ReNaFoBis Webinar Series, 09 Dec 2020, Paris, France
Données techniques
6 - 18 keV
~0.0002 (Si 111)
Onduleur "canted" U24 (4.5 mrad)
Faisceau blanc/rose
Monochromateur "channel-cut" refroidit par l'azôte liquide, (miroir convxe prefocalisant), miroirs focalisants en configuration Kirkpatrick-Baez.
Linéaire
EIGER X 9M area detector for X-ray diffraction images (238 fps in 9M mode, 750 fps in 4M mode)
Ketek SDD detector for X-ray fluorescence scans
Diamond scCVD and Ti foil XBPMs
High resolution X-ray camera (SOLEIL in-house design)
Thématiques scientifiques
| Micro-crystallography |
Small and weakly diffracting crystals |
|---|---|
| SAD and MAD phasing |
Phasing with a range of heavy atoms, including sulphur |
| Plate screening |
Screening of crystallization trays |
En recherche interne à SOLEIL, la ligne de lumière PROXIMA-2A est rattachée à la section scientifique :
| Section scientifique SOLEIL | Biologie, santé, Héliobio |
|---|
Mise à jours
2022-06-13 ADXV & ALBULA
- ADXV et ADXV_FOLLOW sont disponibles pour visualiser les images de diffraction. Dans ADXV, il faut d'abord cliquer sur le fichier MASTER pour telecharger les parametres de la collecte (distance, longueur d'onde, centre du faisceau, etc...). Les commandes sont :
- adxv
- adxv_follow
- Avec les modifications de la format HDF5, ALBULA n'affiche pas tous les images de diffraction sur la sation de travail proxima2a-10. Pendant qu'on resoudre la probleme, merci d'utiliser ADXV et ADXV_FOLLOW.
2022-06-13 Generation automatique des fichiers CBF
- Des fichiers CBF sont automatiquement generés et stockés dans le sous-reproratoire ${prefix}_cbf.
2022-06-02 EIGER Firmware Update
- Suite à une mise à jour du logiciel interne de l'EIGER 9M, la structure des fichiers HDF5 a changé un peu, et le module d'extension Neggia (version 0.6) qui traites les anciens et nouveaux fichier HDF5 peut se trouver au lien suivant: https://bit.ly/dectris_neggia_0p6_linux. Contactez-nous si vous avez des problemes pour traiter les données.
Calendier PX2-A
Avant de visiter PX2-A
Merci de contacter votre "Local Contact" avant votre session.
- Combien des échantillons?
- Prevoir 2 heures par Uni-puck (16 SPINE pins)
- 1 shift = 8 heures = 4 Uni-pucks
- 2 shifts = 16 heures = 8 Uni-pucks
- Prevoir 2 heures par Uni-puck (16 SPINE pins)
- Quels longueur d'ondes, energies ou derivés d'atomes lourdes?
- Energie nominale de la ligne = 12.650 keV
- Gamme d'energie : 6 - 18 keV
- Merci de telecharger les guides
- PX2-A_MXCUBE_USERS_GUIDE
- SOLEIL_ISPyB_Users_Guide
- https://drive.google.com/file/d/1_xrEHUJVTQKNx0jrHZPiPF9LrrDc__hI/view?usp=sharing
- REMOTE_ACCESS_PX2-A
L'envoi des Dewars
Il y a DEUX moyens pour transporter les Dewars vers SOLEIL:
- déposer/enlever à la main au Magasin de SOLEIL
- pour les labos en Ile-de-France
- livrer/enlever par un transporteur avec BORDEREAUX PRÉ-PAYÉS (DHL, FEDEX, UPS, etc...)
- pour les labos françcais hors Ile-de-France
- pour les labos hors France
Les transports des Dewars pouront etre prepayés par SOLEIL ou iNEXT Discovery (SOLEIL vous enverra les bordereaux prépayés):
- pour les labos français hors Ile-de-France par SOLEIL jusqu'au trois (3) Dewars par session (que la session soit 1, 2 ou 3 shifts)
- Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
- numero de projet SOLEIL (e.g. 20191234)
- numero de la session (e.g. #3)
- Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
- pour les labos hors France par iNEXT Discovery jusqu'un Dewar par session (que la session soit 1, 2 ou 3 shifts)
- Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
- numero de projet SOLEIL (e.g. 20191234)
- numero PID d'iNEXT (e.g. PID 13476)
- numero de la session (e.g. #3)
- Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
Sinon, vous pourriez organiser le transport des Dewars vous meme.
En tout cas, il faut inclure DEUX (2) BORDEREAUX PRÉ-PAYÉS - UN ALLER et UN RETOUR.
Pour le REMOTE ACCESS, merci d'inclure une disque dur externe (HDD 1-2 To) avec votre Dewar.
Envoyez les Dewars aux Local Contacts (l'un des scientifiques ci-dessous):
- Willima SHEPARD (Responsable ligne de lumière)
- Serena SIRIGU
- Martin SAVKO
Les numéros de téléphones de la ligne de lumière PROXIMA 2A (pour le transport des Dewars):
- +33-1-6935-8180 (fixe)
- +33-1-6935-8181 (sans-fils)
L'addresse de SOLEIL:
PROXIMA 2A
Synchrotron SOLEIL
L'Orme des Merisiers
Saint-Aubin, BP 48
91192 GIF-sur-YVETTE CEDEX
FRANCE
Merci de prevenir votre Local Contact, puisqu'il(elle) pourrait remplir votre Dewar avec de l'azôte liquide quand il arrive!
Types des echantillons
PROXIMA-2A prends tous les echantillons - les grands comme les petits! Et même les cristaux pas très beaux...
- grand > 10 microns
- petit < 10 microns
- pas beau = fissuré, fracturé ou agglutinés, car souvent se sont des amas des micro-cristaux!
Types des port d'echantillons :
Robot CATS - Uniquement des pins du type SPINE dans des Uni-pucks
- l'echangeur du CATS peuvent contenir jusqu'au neuf (9) uni-pucks, et chaque uni-puck peut contenir 16 SPINE pins, dont un total de 144 pins pour le grand Dewar du CATS sur PX2-A
- Les pins SPINE sont disponibles chez Hampton, Mitegen & Molecular Dimensions
- longueur du pin = 22 mm (du boucle au base)
- deplacement horizontale possible du goniometre = -25 to +5 mm
Montage manuel
- Le "mini-kappa" du goniometre peut etre incliné pour permettre un transfert facile sous cryogenie:
- Mettez omega = 0° and kappa = 30 - 60°
- Un video expliquant le transfert des echantillons dans les fioles (vials) vers les Uni-pucks.
- Un video demontrant comment utiliser un "dry shipper" et comment recuperer les echantillons :
Pendant vos experiences
- Debut & fin pour les seesions sur PROXIMA-2A :
- trois (3) shifts = 8h30 – 8h00 (le lendemain)
- deux (2) shifts = 16h30 - 8h00 (le lendemain)
- un (1) shift = 8h30 - 16h00
- L'equipement & accessories disponible aux utilisateurs:
- Microscopes, pins SPINE, boucles & wands for fishing crystals
- Materiel pour la cryogenie - azôte liquide, Dewars pour manupler les uni-pucks, cryo-tongs, gants, etc...
- TOUS LES EQUIPEMENT DOIVENT RESTER SUR PROXIMA 2A!
- Les acquisitions des données sont faites via MXCuBE , voir le lien ci-dessous pour le guide (PX2-A MXCuBE Users Guide):
- Les fonctionalités
- Verification de la position du faisceau-X (BeamCheck)
- Transfert des echantillons (MOUNT & UNMOUNT)
- Centrage des cristaux
- Collectes des données cristallographiques
- Changement de l'energie du faisceau-X
- Spectra XFE et balayage d'energie
- Collectes SAD & MAD
- Collectes helicoidales
- Balayages GRID et MESH
- Energies du faisceau-X disponibles
- 6 – 18 keV
- Seuils d'absorption disponibles
- K-edges Cr – Zr
- L3-edges Ce - U
- Temps typiques des collectes
- Minimum exposure time 4.2017 ms per frame (238 fps), nominal exposure time 4.5 ms per frame (222 fps)
- 16.2 s per nominal data collection rate (4.5 ms par image, 0.1 degrees par image, 3600 images)
- Attention: les 16.2 s n'inclus pas le mis en place du beamstop, movement du detecteur, ouverture de l'obturateur, etc...
- Les parametres de default sont bien pour le plupart des cristaux
- Pour visualiser les images de diffraction-X
- ALBULA
- ADXV
- Traitement des images de diffraction-X
- XDSME
- autoPROC
- Horaires d'ouverture de la cantine
- Lundi - Vendredi :
- Petit dejeuner = 7:30 - 9:00 ,
- Dejeuner = 11:45 - 13:45
- Dîner = 19:00 - 21:00 (fermature 21:30)
- Weekends (Samedis et Dimanches) & Jours de fetes :
- Petit dejeuner = 7:30 - 9:00
- Dejeuner = 12:30 - 13:30
- Dîner = 19:00 - 21:00 (fermature 21:30)
A la fin de vos experiences
- Repatriation des données
- Telecharger vos données sur une disque dur externe via un port USB3 ou USB2
- Si possible, utiliser le script automatisé "altsync" (cntrl-C pour l'arreter et puis demounter le disque externe).
- Uniquement les petites volumes des données (e.g. fichiers MTZ) peuvent etre telecharger chez vous via le systeme" SOLEIL Data Retrieval"
- Enlever l'echantillon du goniometre, enveler tous les uni-pucks et fermer les couvercles du CATS
- Signer le "Safety Approval Sheet"
Important:
- Merci de nous dire vos reactions et remarques pour améliorer PROXIMA 2A!
- Merci de nous envoyer des images, diaposatifs, publications de vos resultats!
Recuperation des données via GLOBUS
Vous pouvez telecharger vos données via GLOBUS. Voici quelques conseils:
- consulter la documentation GLOBUS
- utiliser une connection internet assez rapide
- e.g. Free Box avec fibre optique
- compter 40 minutes pour 100 GB
- e.g. Free Box avec fibre optique
- arreter le VPN qui bloque le telechargement du cle de securité GLOBUS
- e.g. SecurePulse
- utiliser votre compte ORCID
- e.g. ORCID #0000-0001-2345-6789, si vous ne le avez pas, créer un.
- il faut le user_id de votre compte projet SOLEIL
- e.g. 20220123 [we02LK98]
- Desactiver les Screen Saver et le Power Nap
- Ils peuvent interrompre le telechargement
- IMPORTANT: Après le transfert des données, merci de rappeler de deconnecter votre lien (data link)!!!
- "Unable to link identities" .... "20220123@re-globus-01.synchrotron-soleil.fr is already linked to 0000-0001-2345-6789@orcid.org, you must unlink it..."
- Voir la fin de la Section 7 de la documentation de Globus.
