PROXIMA-2A

2022-10-11 HDF5 structure & fix_transformation_negative.py

• Un bug avec le fichier master HDF5 de l'EIGER X 9M est lié à un valeur négatif dans la transformation du detecteur - specifiquement /entry/instrument/detector/transformations/translation[2]
• Le command sur la machine process1 pour corriger la valeur negatif est: 
  • fix_transformation_negative.py my-project_master.h5
• Notez ce command modifies directement le parametre dans le fichier master HDF5, il ne crée pas un nouveau copie. Si la parametre est deja positif, il reste positif. 
• XIA2 et DIALS doivent fonctioner à nouveau maintainant 

2022-06-13 ADXV & ALBULA

• ADXV et ADXV_FOLLOW sont disponibles pour visualiser les images de diffraction. Dans ADXV, il faut d'abord cliquer sur le fichier MASTER pour telecharger les parametres de la collecte (distance, longueur d'onde, centre du faisceau, etc...). Les commandes sont :
  • adxv
  • adxv_follow
• Avec les modifications de la format HDF5, ALBULA n'affiche pas tous les images de diffraction sur la sation de travail proxima2a-10. Pendant qu'on resoudre la probleme, merci d'utiliser ADXV et ADXV_FOLLOW.

2022-06-13 Generation automatique des fichiers CBF

• Des fichiers CBF sont automatiquement generés et stockés dans le sous-reproratoire ${prefix}_cbf.

2022-06-02 EIGER Firmware Update

• Suite à une mise à jour du logiciel interne de l'EIGER 9M, la structure des fichiers HDF5 a changé un peu, et le module d'extension Neggia (version 0.6) qui traites les anciens et nouveaux fichier HDF5 peut se trouver au lien suivant: https://bit.ly/dectris_neggia_0p6_linux. Contactez-nous si vous avez des problemes pour traiter les données.
  • autoPROC - il devrait marcher si on utilise le bon module d'extension Neggia

  • xdsme - il faut modifer deux lignes dans XIO.py:

    • "import pyfive" -> "import h5py"

    • self.rawHead = pyfive.File(self.fileName) -> self.rawHead = h5py.File(self.fileName, 'r')

• AP29 (mars 2022 - juillet 2022)
• AP30 (septembre 2022 - fevrier 2023)

Merci de contacter votre "Local Contact" avant votre session.

• Combien des échantillons?
  • Prevoir 2 heures par Uni-puck (16 SPINE pins)
    • 1 shift = 8 heures = 4 Uni-pucks 
    • 2 shifts = 16 heures = 8 Uni-pucks
• Quels longueur d'ondes, energies ou derivés d'atomes lourdes?
  • Energie nominale de la ligne = 12.650 keV
  • Gamme d'energie : 6 - 18 keV
• Merci de telecharger les guides
  • PX2-A_MXCUBE_USERS_GUIDE
    • https://drive.google.com/file/d/1ZUHvcl-LGynYFUQa28sudmoi-j8T8OQs/view?usp=sharing
  • SOLEIL_ISPyB_Users_Guide
    • https://drive.google.com/file/d/1_xrEHUJVTQKNx0jrHZPiPF9LrrDc__hI/view?usp=sharing
  • REMOTE_ACCESS_PX2-A
    • https://drive.google.com/file/d/1J-Ez8_sGF3k28khLhSgAEF9Mrs7pKVy7/view?usp=sharing

L'envoi des Dewars

Il y a DEUX moyens pour transporter les Dewars vers SOLEIL:

• déposer/enlever à la main au Magasin de SOLEIL
  • pour les labos en Ile-de-France
• livrer/enlever par un transporteur avec BORDEREAUX PRÉ-PAYÉS (DHL, FEDEX, UPS, etc...)
  • pour les labos françcais hors Ile-de-France
  • pour les labos hors France

Les transports des Dewars pouront etre prepayés par SOLEIL ou iNEXT Discovery (SOLEIL vous enverra les bordereaux prépayés):

• pour les labos français hors Ile-de-France par SOLEIL jusqu'au trois (3) Dewars par session (que la session soit 1, 2 ou 3 shifts)
  • Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
    • numero de projet SOLEIL (e.g. 20191234)
    • numero de la session (e.g. #3)
• pour les labos hors France par iNEXT Discovery jusqu'un Dewar par session (que la session soit 1, 2 ou 3 shifts)
  • Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
    • numero de projet SOLEIL (e.g. 20191234)
    • numero PID d'iNEXT (e.g. PID 13476)
    • numero de la session (e.g. #3)

Sinon, vous pourriez organiser le transport des Dewars vous meme.

En tout cas, il faut inclure DEUX (2) BORDEREAUX PRÉ-PAYÉS - UN ALLER et UN RETOUR.

Pour le REMOTE ACCESS, merci d'inclure une disque dur externe (HDD 1-2 To) avec votre Dewar.

Envoyez les Dewars aux Local Contacts (l'un des scientifiques ci-dessous):

• Willima SHEPARD (Responsable ligne de lumière)
• Serena SIRIGU
• Martin SAVKO

Les numéros de téléphones de la ligne de lumière PROXIMA 2A (pour le transport des Dewars):

• +33-1-6935-8180 (fixe)
• +33-1-6935-8181 (sans-fils)

L'addresse de SOLEIL:

PROXIMA 2A
Synchrotron SOLEIL
L'Orme des Merisiers
Saint-Aubin, BP 48
91192 GIF-sur-YVETTE CEDEX
FRANCE

Merci de prevenir votre Local Contact, puisqu'il(elle) pourrait remplir votre Dewar avec de l'azôte liquide quand il arrive!

PROXIMA-2A prends tous les echantillons - les grands comme les petits! Et même les cristaux pas très beaux...

• grand > 10 microns
• petit < 10 microns
• pas beau = fissuré, fracturé ou agglutinés, car souvent se sont des amas des micro-cristaux!

 
Types des port d'echantillons :

Robot CATS - Uniquement des pins du type SPINE dans des Uni-pucks

• l'echangeur du CATS peuvent contenir jusqu'au neuf (9) uni-pucks, et chaque uni-puck peut contenir 16 SPINE pins, dont un total de 144 pins pour le grand Dewar du CATS sur PX2-A
  • Les pins SPINE sont disponibles chez Hampton, Mitegen & Molecular Dimensions
• longueur du pin = 22 mm (du boucle au  base)
• deplacement horizontale possible du goniometre  = -25 to +5 mm
   

Montage manuel

• Le "mini-kappa" du goniometre peut etre incliné pour permettre un transfert facile sous cryogenie:
  • Mettez omega = 0° and kappa = 30 - 60°

- Un video expliquant le transfert des echantillons dans les fioles (vials) vers les Uni-pucks.

- Un video demontrant comment utiliser un "dry shipper" et comment recuperer les echantillons :

- Debut & fin pour les seesions sur PROXIMA-2A :

• trois (3) shifts = 8h30  – 8h00 (le lendemain)
• deux (2) shifts = 16h30 - 8h00 (le lendemain)
• un (1) shift = 8h30 - 16h00

- L'equipement & accessories disponible aux utilisateurs:

• Microscopes, pins SPINE, boucles & wands for fishing crystals
• Materiel pour la cryogenie - azôte liquide, Dewars pour manupler les uni-pucks, cryo-tongs, gants, etc...
• TOUS LES EQUIPEMENT DOIVENT RESTER SUR PROXIMA 2A!
   

- Les acquisitions des données sont faites via MXCuBE , voir le lien ci-dessous pour le guide (PX2-A MXCuBE Users Guide):

• https://drive.google.com/file/d/1I3N3Z76paCGKQSQb4Mc9FSNNKLA6ocE8/view?usp=sharing

- Les fonctionalités

• Verification de la position du faisceau-X (BeamCheck)
• Transfert des echantillons (MOUNT & UNMOUNT)
• Centrage des cristaux
• Collectes des données cristallographiques
• Changement de l'energie du faisceau-X
• Spectra XFE et balayage d'energie
• Collectes SAD & MAD
• Collectes helicoidales
• Balayages GRID et MESH

- Energies du faisceau-X disponibles

• 6 – 18 keV
   

- Seuils d'absorption disponibles

• K-edges Cr – Zr
• L3-edges Ce - U
   

- Temps typiques des collectes

• Minimum exposure time 4.2017 ms per frame (238 fps), nominal exposure time 4.5 ms per frame (222 fps)
• 16.2 s per nominal data collection rate (4.5 ms par image, 0.1 degrees par image, 3600 images)
  • Attention: les 16.2 s n'inclus pas le mis en place du beamstop, movement du detecteur, ouverture de l'obturateur, etc...
• Les parametres de default sont bien pour le plupart des cristaux

- Pour visualiser les images de diffraction-X

• ALBULA
• ADXV
   

- Traitement des images de diffraction-X

• XDSME
• autoPROC
   

- Horaires d'ouverture de la cantine

• Lundi - Vendredi :
  • Petit dejeuner = 7:30 - 9:00 , 
  • Dejeuner = 11:45 - 13:45
  • Dîner = 19:00 - 21:00 (fermature 21:30)
• Weekends (Samedis et Dimanches) & Jours de fetes :           
  • Petit dejeuner = 7:30 - 9:00  
  • Dejeuner = 12:30 - 13:30     
  • Dîner = 19:00 - 21:00 (fermature 21:30)

- Repatriation des données

• Telecharger vos données sur une disque dur externe via un port USB3 ou USB2
• Si possible, utiliser le script automatisé "altsync" (cntrl-C pour l'arreter et puis demounter le disque externe).
• Uniquement les petites volumes des données (e.g. fichiers MTZ) peuvent etre telecharger chez vous via le systeme" SOLEIL Data Retrieval"

- Enlever l'echantillon du goniometre, enveler tous les uni-pucks et fermer les couvercles du CATS

- Signer le "Safety Approval Sheet"

Important:

• Merci de nous dire vos reactions et remarques pour améliorer PROXIMA 2A!
• Merci de nous envoyer des images, diaposatifs, publications de vos resultats!

Vous pouvez telecharger vos données via GLOBUS. Voici quelques conseils:

• consulter la documentation GLOBUS
• utiliser une connection internet assez rapide
  • e.g. Free Box avec fibre optique
    • compter 40 minutes pour 100 GB
• arreter le VPN qui bloque le telechargement du cle de securité GLOBUS
  • e.g. SecurePulse
• utiliser votre compte ORCID
  • e.g. ORCID #0000-0001-2345-6789, si vous ne le avez pas, créer un.
• il faut le user_id de votre compte projet SOLEIL
  • e.g. 20220123 [we02LK98]
• Desactiver les Screen Saver et le Power Nap
  • Ils peuvent interrompre le telechargement
• IMPORTANT: Après le transfert des données, merci de rappeler de deconnecter votre lien (data link)!!!
  • "Unable to link identities" .... "20220123@re-globus-01.synchrotron-soleil.fr is already linked to 0000-0001-2345-6789@orcid.org, you must unlink it..."
  • Voir la fin de la Section 7 de la documentation de Globus.