La microspectroscopie infrarouge et l’imagerie infrarouge permettent d’obtenir des informations fondamentales sur la composition chimique, l’organisation des matériaux complexes et la conformation des molécules avec des résolutions de l’ordre de quelques dizaines de microns à quelques microns, voire submicronique.
L’analyse des données de microscopie infrarouge est une étape cruciale pour dénouer la complexité de l’information contenue dans les spectres infrarouges nécessitant le recours à de nombreuses techniques spécialisées. L’existence de détecteurs matriciels a fait rentrer la microscopie infrarouge dans l’air des mégadonnées imposant le recours à une analyse automatisée.
Une approche des plus fructueuses est d’utiliser l’analyse statistique multivariée et l’apprentissage machine pour explorer la variabilité chimique et spatiale des échantillons, classifier les échantillons sur la base de l’information spectrale, trouver des corrélations entre données hétérogènes, ou pour réaliser des modèles prédictifs et des analyses quantitatives. Ces méthodes ne sont fructueuses que si elles sont combinées avec des prétraitements adaptés. Elles requièrent l’utilisation de logiciels et de stratégies d’analyse particulières et nécessitent donc une formation spécifique.
La ligne SMIS organise la sixième édition de sa formation à l’analyse des données de microspectroscopie infrarouge qui ser tiendra en distanciel du mercredi 11 au vendredi 13 mai 2022.
La ligne SMIS est la ligne de microspectroscopie infrarouge du synchrotron SOLEIL et a une expérience de plus de 10 ans dans la mesure et l’analyse de données de microspectroscopie. La formation sera assurée par Ferenc Borondics, expert en physico-chimie, Marko Toplak, expert en apprentissage machine, et Christophe Sandt, spécialisé en biospectroscopie.
Cette formation sera gratuite, tenue en distanciel et ouverte à tous les utilisateurs passés et futurs de la ligne.
Les cours seront données en anglais et aborderont les principales techniques d’analyse statistique multivariée et d’apprentissage machine telles que l’analyse en composante principale, des méthodes de classification (k-means, KNN, RFC…), de régression (Logit, PLS)... Le prétraitement des spectres infrarouges en amont des analyses sera également enseigné.
Une place importante sera donnée à l’analyse des données d’imagerie spectrale à l’aide du logiciel libre Quasar (Orange spectroscopy) résultant d’une collaboration entre les lignes synchrotron SMIS (SOLEIL), SISSI (ELETTRA), midIR (CLS) et du Biolab de l’Université de Ljubljana. Une session d’analyse avec les données des participants clôturera la formation.
Téléchargement des cours
Télécharger les cours 
ici (12.17 Mo).
Speakers
The course will be given by
Ferenc Borondics (an expert in physical-chemistry),
Marko Toplak (a machine learning specialist),
and Christophe Sandt (biospectroscopist).
Program
Provisional programm
October 16th |
October 17thSupervised learning |
October 18thUnsupervised learning |
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| 09:00 - 10:30 |
SESSION 1 |
SESSION 1 |
SESSION 1 |
| 10:30 - 10:45 | Coffee Break | Coffee Break | Coffee Break |
| 10:45 - 12:00 |
SESSION 2 |
SESSION 2 |
SESSION 2 |
| 12:00 - 13:30 | Lunch break | Lunch break | |
| 13:30 - 15:30 |
SESSION 3 |
SESSION 3 |
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| 15:30 - 15:45 | Coffee Break | Coffee Break | |
| 15:45 - 16:00 |
SESSION 4 |
SESSION 4 |
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| 19:00 | Diner at SOLEIL restaurant | Diner at SOLEIL restaurant |
The formation will be held online and opened to all past and future users of the beamline. The training will be held free of charge.
Registration is open: registration.
Deadline
- Registration : May 10th, 2022
How to attend the training
You will be able to log in to the course using the following link:
Available soon
Download Quasar
The training will be held with the open-source software Quasar.
Please download it before the course here.
For further information please contact: school-STATIR6-2022@synchrotron-soleil.fr
Documents à télécharger
StatIR 6_Programme.pdf (461.99 Ko - pdf) (461.99 Ko)