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AcceS-Ge CoViD-19

Génomique structurale accélérée sur les protéines codées par le pathogène SARS-CoV-2 en utilisant notre pipeline de cristallographie in vivo

Nous proposons de cloner l'ensemble des protéines codées par le pathogène responsable du CoViD-19 et d'utiliser leur forme complète ainsi que leurs domaines pertinents respectifs dans notre pipeline accéléré pour la génomique structurale. Ce pipeline, conçu autour de l'expression de cristaux de protéines in vivo dans des cellules de mammifères, permet d'accélérer la cristallisation de protéines, tout en restant dans un système confiné. De plus amples informations sur le pipeline seront disponibles d’ici peu.

La méthode de cristallisation sériée appliquée en synchrotron sur ces objets permettra de déterminer la structure à résolution atomique des protéines du virus. Celles-ci serviront de base pour la compréhension de son fonctionnement, sa pathogénicité et à terme permettront la mise au point de médicaments antiviraux contre le SARS-CoV-2 et plus généralement contre les autres membres de la famille des coronavirus.

Évolution du projet

Ci-dessous sont décrites les étapes clés du projet, sous forme de petite News explicatives des différents évènements. Nous espérons par ce principe de tenir au courant la communauté scientifique impliquée sur les avancées du projet.

29 Mai 2020 - élargissement de notre banque de clones : Quelques clones supplémentaires à rajouter à notre petite trentaine de construits actuels… en attente d’une transfection très prochainement!!

15 Mai 2020 - premiers cloning réussis : très content que les premiers résultats de cloning soient positifs. En attendant de démarrer les criblages de cristallisation in vivo, à nous de travailler sur le reste des gènes!

6 Mai 2020 - livraison du génome complet par Codex : cela a pris 20 jours pour obtenir le génome complet car aucun laboratoire national ne pouvait nous fournir… Grand soulagement, nous pouvons maintenant débuter le travail!!

30 Avril 2020 - kick-off meeting du projet :  les trois laboratoires collaborants sur le projet se sont réunis, pour une planification efficace des actions à venir. Cette réunion a permis de clarifier les attentes de chacun pour le court terme.

10 Avril 2020 - annonce d’acceptation du projet soumis : les annonces d’acceptation du projet sont officiellement publiées sur le site de l’ANR ; avec un mélange d’énorme soulagement et d’excitation, notre projet est accepté et imprimé en première ligne sur les documents officiels de l’ANR. Il ne nous reste plus qu’à nous organiser et débuter le travail.

23 Mars 2020 - soumission du projet AcceS-Ge CoViD-19 : après une série sans discontinuité d’écriture et correction du projet pendant les deux derniers jours précédents la date butoire de soumission, un grand soulagement avec la finalisation et la soumission du projet AcceS-Ge CoViD-19 sur le site de l’ANR. Bravo et merci tout le monde pour ce travail acharné!

6 Mars 2020 - ouverture du projet ANR FLASH-COVID-19 : les équipes impliquées dans le projet, comprenant des membres de Synchrotron SOLEIL, de l’INRAe et de Sanofi, se concertent pour une écriture commune d’un projet qui viserait à soumettre tout le génome du pathogène CoViD-19 dans la plateforme pour cristallographie in vivo développée au sein des lignes PROXIMA-1 et DISCO de Synchrotron SOLEIL.