PROXIMA-2A
La section scientifique Sciences de la vie de SOLEIL est un groupe actif composé d’environ 30 experts dans divers domaines. L’upgrade en cours du synchrotron SOLEIL (projet SOLEIL II) contribuera à l'émergence de méthodes visant à améliorer les capacités d'imagerie à haute résolution spatiale et temporelle des cellules, des tissus et des organes.
Les récentes révolutions dans le domaine de la cryo-tomographie électronique (cryo ET) a changé notre façon d'envisager les approches d’imagerie intégratives. L'association de la cryo EM (SPA et ET) aux techniques basées sur le synchrotron facilite grandement la corrélation des informations moléculaires et structurales, du niveau atomique au niveau cellulaire. L'expertise combinée des équipes des lignes de lumière dédiées aux sciences de la vie à SOLEIL constitue la base du développement d'une approche post-upgrade de la biologie intégrative.
Contact
Pour toute demande d'informations générales, veuillez utiliser notre adresse e-mail : life-sciences@synchrotron-soleil.fr
Lignes de lumière et Laboratoires de la section
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L'équipe Sciences de la vie
HPLC-MALLS-RI | GRADES Data Analysis | Data Analysis | Cristallography | X-ray spectroscopy |
SAXS | HPLC-MALLS-RI | |||
SR Circular Dichroism | GRADES Data Analysis | Infrared micro-spectroscopy | ||
X-ray tomography | ||||
X-ray tomography | SR Circular Dichroism |
Imaging | Imaging |
Les actualités
Toutes les actualités
SUCCESS STORY – Programme ESR – NEPHEWS Aleksandra Krajcer, accueillie sur la ligne (...)
Highlights de SOLEIL 2024
| Scientific axes | Experimental techniques | Techniques of analysis | ||
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Les agents pathogènes (ré)émergents dans leur environnement | Méthodes synchrotron pour les médecins | Des plantes pour un monde en mutation | Structure of biomacromolecules : X-Ray (Imaging), Christallography (Diffraction), SAXS (Scattering), SRCD APPI |
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| Spectromicroscopy Infrared, DUV, X-Ray | ||||
| X-Ray Imaging Coherent, Tomography, full field, scanning nanoprobres | ||||
Les agents pathogènes (ré)émergents dans leur environnement
L'apparition récente de nouvelles maladies et la réémergence d'anciennes maladies continuent de constituer une menace sérieuse pour l’humanité. Le monde a récemment été témoin de l'émergence d'une nouvelle menace liée au coronavirus (SARS-Cov2). En effet, de nombreux virus et bactéries évoluent rapidement pour propager au sein de la population hôte. Ce faisant, certains de ces pathogènes vont altérer la santé de l’hôte conduisant dans les cas les plus extrêmes à sa mort. Le réchauffement climatique a exacerbé cette situation en favorisant la propagation des vecteurs de ces maladies, ce qui a des conséquences dramatiques sur notre environnement et notre santé. Les maladies épizootiques et anthropo-épizootiques représentent clairement une menace majeure pour la santé humaine. L'ampleur totale de la pandémie actuelle de SARS-Cov2 ne sera pas connue avant plusieurs années. Mais, pour prendre un autre exemple, selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), l'impact du virus de la grippe A est estimé à 3 à 5 millions de cas de maladie grave et jusqu'à un demi-million de décès dans le monde chaque année. La situation s'aggravera encore lorsque les virus muteront en formes virulentes provoquant des pandémies humaines qui se reproduiront toutes les quelques décennies. La surutilisation et la mauvaise utilisation des traitements antibiotiques chez l'Homme et le bétail, ainsi que les quantités importantes de médicaments rejetées dans les déchets urbains, sont un facteur majeur dans l'apparition de bactéries multirésistantes, plus communément appelées superbactéries. C’est pourquoi la découverte de nouveaux antibiotiques et leur développement sont nécessaires de toute urgence pour faire face aux dangers liés à l'émergence et à la propagation de bactéries multirésistantes, en particulier les pathogènes Gram négatifs appartenant au groupe ESKAPE. Notre connaissance insuffisante de la structure complexe de leur membrane externe et de leur organisation interne reste une lacune importante qui doit être comblée si nous voulons pouvoir comprendre les mécanismes à l'origine de la résistance aux antibiotiques et leur absorption par les bactéries vivantes. Il est donc essentiel de mieux comprendre comment les agents pathogènes interagissent avec leur hôte et se propagent dans l'environnement, et comment ils peuvent être combattus.
Toutes les maladies (ré)émergentes ont en commun des liens étroits entre l'adaptation structurale des molécules des microbes et leur virulence ou leur résistance spécifique. Afin de soutenir la collaboration nationale entre les scientifiques des organismes de recherche spécialisés (CNRS, CEA, IRBA, Institut Pasteur, INSERM, INRAe, etc.), SOLEIL renforcera sa combinaison existante de techniques d’analyses structurales de pointe pour déchiffrer les bases moléculaires qui sous-tendent les mécanismes de virulence et de résistance. De nouvelles méthodes d'imagerie révolutionnaires sont en cours de développement i) au niveau cellulaire, où les médicaments et les protéines peuvent être suivis dans des cellules vivantes ou en différé en conditions cryogéniques sur des échantillons entièrement hydratés, et ii) au niveau tissulaire, où des modalités d'imagerie innovantes permettront de mieux comprendre les effets induits par ces maladies chez les animaux et les patients. Ce n'est que grâce à la coordination intégrée du large éventail d'expertises spécialisées fournies par des groupes de recherche indépendants que des solutions durables pourront voir le jour.
Méthodes synchrotron pour les médecins
Les médecins, qui sont en première ligne dans la prise en charge des maladies et des traumatismes, sont constamment à la recherche de nouveaux outils diagnostiques. Les technologies thérapeutiques et l'imagerie biomédicale ont grandement bénéficié des méthodes de rayonnement synchrotron pour un diagnostic plus rapide et plus fiable. Celles-ci comprennent, sans s'y limiter, l'irradiation par microfaisceau de rayons X et les thérapies par activation photonique, la tomodensitométrie, l'angiographie coronarienne, la bronchographie et la mammographie. L'intégration de techniques complémentaires utilisant le rayonnement synchrotron contribue à enrichir la fiabilité des bases de données utilisées par les chirurgiens lors de l'ablation de tumeurs afin de mieux définir les limites des tissus malins. Les outils d'imagerie disponibles dans les hôpitaux offrent une faible résolution spatiale, ce qui, dans certains cas spécifiques (tels que l'apparition de faux positifs dans le marquage radioactif), nécessite le recours à des technologies d'imagerie de pointe disponibles uniquement dans les synchrotrons.
SOLEIL a déjà contribué à de tels diagnostics, avec plusieurs cas médicaux résolus, notamment celui d'un patient souffrant de cristaux de dihydroxyadénine. Les études biomédicales nécessitent en général des résolutions spatiales comprises entre 0,5 et 10 microns, rarement inférieures à 50 nanomètres. Les modalités d'accès à l'instrumentation doivent respecter les principes de bioéthique et un soin particulier doit être apporté au renvoi des échantillons de biopsie à l'hôpital après analyse. De même, la prudence est de mise lors de l'analyse des échantillons, car aucune dégradation (telle que les dommages causés par des doses trop élevées de rayons visibles, UV ou X) ne peut être tolérée : la mise au point d'un passeport pour les échantillons (voir Instrumentation et méthodes, chapitre 4) est un important outil de facilitation. En outre, il devient indispensable d'améliorer le diagnostic en caractérisant les maladies induites par des mutations au niveau moléculaire.
Des plantes pour un monde en mutation
- Alimentation :
Dans un contexte de population croissante, la consommation alimentaire mondiale doit être adaptée afin de limiter l'impact humain sur le réchauffement climatique. De nombreux rapports recommandent de réduire la consommation de protéines animales. De nouvelles sources de protéines sont nécessaires, et les protéines végétales apparaissent comme des alternatives prometteuses. Dans la pratique, les protéines végétales sont difficiles à digérer par les omnivores en raison de leurs faibles solubilité et accessibilité cellulaire, et de leur teneur en soufre, ce qui rend nécessaire leur traitement enzymatique préalable pour une meilleure métabolisation par les enzymes humaines. Le maintien de la qualité des sols exempts de polluants et la prévention de l'entrée de ces polluants dans la chaîne alimentaire sont abordés dans la partie « Environnement ».
- Sécheresse :
En réponse à l'évolution des quantités de précipitations due au changement climatique, il est urgent d'étudier la résilience des arbres et des plantes à la sécheresse et l'adaptation de l'agriculture à de nouvelles espèces végétales plus résistantes. Les arbres et les cultures, ainsi que leur adaptation à la sécheresse, doivent être étudiés à l'échelle tissulaire et moléculaire. L'imagerie structurale et chimique, à la résolution la plus élevée possible sur des échantillons vivants et fixés, permettrait de comprendre les bases moléculaires et cellulaires de leur résilience.
- Matériaux biosourcés :
Les défis qui se profilent dans notre monde en constante évolution sont nombreux et les solutions aux problèmes de demain viendront de divers domaines de la recherche et du développement. Le passage à une ère post-pétrolière pourrait devenir l'un des problèmes les plus difficiles à résoudre, notamment en termes de chimie des polymères, nécessaire à la production de tous les objets utilisés dans notre société de consommation. À cet égard, les synthons (unités structurales au sein d'une molécule) nécessaires à la fabrication de nos gadgets préférés peuvent également être trouvés dans les déchets (organiques/mous), soit en valorisant les déchets urbains et industriels, soit en valorisant les déchets végétaux issus de la production agricole durable. Les enzymes qui catalysent la production de ces synthons doivent encore être pleinement caractérisées et optimisées.
- Santé et maladies des plantes :
Les plantes sont sensibles aux effets du réchauffement climatique et aux techniques agricoles intensives. Cette pression environnementale a pour conséquence de rendre les plantes vulnérables à la propagation rapide d'agents pathogènes qui peuvent détruire les cultures et entraîner des pertes économiques importantes.
Laboratoires
Le laboratoire de biologie, classé P2, apporte son soutien aux utilisateurs pour la préparation de leurs expériences et aux chercheurs de SOLEIL dans le domaine de la santé et de la biologie.
Le laboratoire de microfluidique de SOLEIL (MF Lab) est dédié à la fabrication et à l'analyse de systèmes microfluidiques compatibles avec les applications sur les lignes de lumière. Il fournit des instruments de microfabrication ainsi que des outils d'analyse à l'échelle micrométrique, dans une salle blanche dédiée à ce type d'expériences.
Deux laboratoires sont disponibles au Synchrotron SOLEIL. Leur mission est d'assurer un soutien technique et scientifique aux utilisateurs pour la préparation des échantillons dans le cadre des expériences menées sur les lignes de lumière. Ils fournissent également aux scientifiques de SOLEIL les infrastructures et les équipements nécessaires aux projets de recherche spécifiques dans le domaine de la chimie.
Collaborations
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Vous trouverez ici des formations théoriques et pratiques sur les techniques proposées par les lignes de lumière de la section Sciences de la vie.
Cours impliquant des membres de la section Sciences de la vie
Cette école est conçue pour former des étudiants, des post-doctorants et des scientifiques chevronnés issus d'universités et de laboratoires européens et non européens dans le domaine des rayonnement neutronique et synchrotron pour l'étude de la matière condensée (biologie, chimie, physique, science des matériaux, géosciences, applications industrielles).
L'université Ludwig-Maximilian de Munich (Allemagne), l'université de Lund (Suède), l'université de Porto (Portugal), l'université de Szeged (Hongrie) et l'université Paris-Saclay ont uni leurs forces pour créer une université européenne pilote, animée par les valeurs européennes et engagée dans l'enseignement supérieur et la formation sur les défis liés à la santé et au bien-être.
Ecole de biologie structurale intégrative et cellulaire :
De nos jours, les problèmes en biologie structurale ne peuvent souvent pas être résolus à l'aide d'une seule technique, mais nécessitent une combinaison de méthodes, notamment la RMN, la cristallographie par rayons X, la microscopie électronique, la spectrométrie de masse structurale et le SAXS. Les données hétérogènes obtenues par ces méthodes doivent être combinées à des techniques avancées de modélisation moléculaire. L'objectif de ces de biologie structurale intégrative et cellulaire cours est de fournir aux jeunes scientifiques qui possèdent des connaissances plus spécialisées dans l'une de ces techniques un aperçu du large éventail de méthodes structurales modernes disponibles. Le cours comprend une formation pratique aux approches numériques d'intégration des données (telles que IMP, HADDOCK, ...). Le cours s'adresse principalement aux étudiants diplômés / postdoctorants, mais les candidatures de scientifiques de tous niveaux sont encouragées. L’école comprend des conférences qui présenteront les principes et les limites des différentes techniques, ainsi que des travaux pratiques sur l'analyse des données à l'aide des principaux programmes d’affinement / modélisation des structures.
SERP+ :
Le master SERP+ vise à former les étudiants aux outils expérimentaux et théoriques les plus performants utilisés et développés en chimie, afin qu'ils deviennent les meilleurs chercheurs et gestionnaires dans des domaines d'une grande importance.
L'école RéNaFoBiS d'Oléron propose une formation théorique et appliquée aux différentes approches utilisées en biologie structurale (diffraction et diffusion des rayons X, RMN, cryo-microscopie, ouverture vers d’autres techniques d’imagerie moléculaire et cellulaire, analyses et caractérisations des interactions macro-moléculaires). Cette école met l’accent sur l’intégration de plusieurs de ces méthodes pour répondre aux grandes questions de la biologie fonctionnelle à l’échelle cellulaire. Cette formation montre les apports et les limites de chaque méthode et leur complémentarité.
MOOC: Voyage au cœur du vivant avec les rayons X : la cristallographie
L’utilisation des structures tridimensionnelles de macromolécules biologiques fait partie du quotidien d’un grand nombre de biologistes. Ces structures permettent de comprendre leur fonctionnement, de dessiner des mutants pour étudier leur fonction, de dessiner des molécules pour les bloquer ou les activer.
L’approche majeure pour résoudre la structure tridimensionnelle de macromolécules biologiques est la cristallographie aux rayons X. Ce MOOC est une initiation complète à la cristallographie biologique : depuis l'histoire de la méthode jusqu'à ses outils concrets.Nous vous transmettons nos connaissances et notre expérience par le biais de vidéos théoriques et en situation.
Cela fait maintenant 10 ans que l’INRA et SOLEIL ont engagé une fructueuse collaboration, qui s’appuie sur la présence d’ingénieurs INRA mis à disposition à SOLEIL. Un ouvrage, paru en janvier 2017, rassemble une trentaine de résultats de recherche issus de cette collaboration.
Dans toutes les formes de vie cellulaire, les enzymes ADN polymérases (ADNPs) jouent un rôle central dans la réplication, la maintenance et la réparation du génome. En conséquence, les ADNPs ont fait l'objet de recherches intensives depuis des décennies. Grâce à des données récoltées sur les lignes PROXIMA-1 et PROXIMA-2A, des équipes de l’Institut Pasteur et de l’IFREMER ont pu résoudre la structure d’une ADNP d’Archée.
Grâce à l’utilisation des lignes PROXIMA-1 et PROXIMA-2A, des chercheurs de l’Ecole Polytechnique (CNRS, Palaiseau) et de l’IGBMC (CNRS, INSERM et Université de Strasbourg) ont déterminé la structure d’un complexe de protéines : l’enzyme Dcp2, associée à ses deux « molécules d’assistance », les cofacteurs Dcp1 et Edc3. La structure de ce complexe a par ailleurs permis de révéler le mécanisme d’action de Dcp2, impliquée dans l’élimination de la coiffe des ARN messagers (ARNm), une réaction essentielle à la dégradation des ARNm au cours de la synthèse des protéines.
Bienvenue à PROXIMA 2A !
Une lumière pour la biologie et la micro-cristallographie.
PROXIMA 2A (PX2-A) est une ligne de lumière micro-foyer-X dédiée à la bio-cristallographie et aux innovations méthodologiques pour les microfaisceaux-X. Ouvert depuis 2013, les sujets traités vont au delà de la cristallographie standard des protéines et incluent la découvert des médicaments, la résolution de protéines membranaires, la virologie, la cristallographie des petites molécules, la diffraction-X des poudres et même la cristallurie. La ligne de lumière est extrêmement automatisée et conçue pour aider les scientifiques à s’attaquer aux cibles structuraux et aux systèmes biologiques les plus exigeants. L’énergie des rayons-X est facilement accordable sur une grande gamme (6 – 18 keV) et rend la plupart des seuils d’absorption accessibles pour des expériences en diffraction-X anomale. La station expérimentale est équipée d’un passeur d’échantillon de haute capacité (148 ports d’échantillon du type SPINE), un goniomètre-kappa de haute performance, un détecteur de fluorescence-X (KETEK) et un grand détecteur-bidimensionnel rapide de faible bruit et compteur de photons unique - l’EIGER X 9M (dont 238 images par second en mode 9M ou 750 images par second en mode 4M).
See also Biology Health : HelioBio
Les actualités de la ligne
Toutes les actualités de PROXIMA-2A
École européenne HERCULES 2026 à SOLEIL
« Unattended mode », un nouveau mode d’accès disponible à SOLEIL pour la cristallographie (...)
L'équipe
* Prestataire extérieur, intérimaire ou collaborateur
Offres d'emploi
Contacter William SHEPARD pour plus d'information.
Collaborations
Posters
- "From Plate Screening to Artificial Intelligence: Innovative developments on PROXIMA 2A at Synchrotron SOLEIL" - Mechanical Engineering Design of Synchrotron Radiation Equipment and Instrumentation (MEDSI 2018), 25-29 June 2018. Paris, France.
- "The CRIBLEUR: An Any Format Screener for in situ X-ray Diffraction Experiments on PROXIMA 2A" - Biologie Structurale Integrative (BSI), 29 Nov - 03 Dec 2021, Paris-Saclay, France.
Présentations
- Of Symmetry, Lattices & Space Groups - ReNaFoBis Webinar Series, 09 Dec 2020, Paris, France
- PROXIMA 2A Tutorial: Best Practices in the use of Micro-beams in Macromolecular Crystallography - SOLEIL Users Meeting (SUM2023), 20 Jan 2023, Synchrotron SOLEIL, Gif-sur-Yvette, France
- Living Machines @ Work : As seen by Macromolecular Cristallography - LM@W day at I2BC, CNRS, Gif-sur-Yvette, France
Vidéos
- Introducing PROXIMA-2A (http://tinyurl.com/PROXIMA-2A-VIDEO)
- In-situ crystal screening and data collection with the "Cribleur" (http://tinyurl.com/CRIBLEUR-VIDEO)
Commenter Citer PROXIMA 2A
Les publications de la ligne de lumière PROXIMA 2A à citer sont listées ci-dessous:
- The general PROXIMA 2A beamline publication is in the SRI 2013 Proceedings.
- Duran et al. (2013) "PROXIMA 2A – A New Fully Tunable Micro-focus Beamline for Macromolecular Crystallography" Journal of Physics: Conference Series 425, 012005. doi:10.1088/1742-6596/425/1/012005.
- Martin Savko's oral presentation on using EIGER detectors at the ECM 30 (Basel, Switzerland).
- Savko et al. (2016) "Getting the most of the sample with small beams and fast detectors." Acta Cryst A, a54283. https://doi.org/10.1107/S2053273316097163
- Studies on using Helical Scans to mitigate X-ray radiation damage is published in a special issue of the Journal of Synchrotron Radiation.
- Polsinelli et al. (2017) "Comparison of helical scan and standard rotation methods in single-crystal X-ray data collection strategies." J. Synchrotron Rad. 24, 42–52. https://doi.org/10.1107/S1600577516018488.
- Adam Simpkin's SIMBAD pipeline is described in the Act Cryst D publication below.
- Simpkin et al. (2018) "SIMBAD: a sequence-independent molecular-replacement pipeline." Acta Crystallogr D Struct Biol. 74, 595–605. https://doi.org/10.1107/S2059798318005752.
- The Cribleur plate screener is described in the MEDSI 2018 Proceedings.
- Jeangerard et al (2018) "FROM PLATE SCREENING TO ARTIFICIAL INTELLIGENCE: INNOVATIVE DEVELOPMENTS ON PROXIMA 2A AT SYNCHROTRON SOLEIL." JACoW Publishing, MEDSI 2018 Proceedings WEPH36. https://doi.org/10.18429/JACoW-MEDSI2018-WEPH36.
- Studies on fast data collections with the Eiger X 1M for the ELI beamlines (Prague, Czech Republic).
- Khakurel et al. (2020) "Kilohertz Macromolecular Crystallography Using an EIGER Detector at Low X-ray Fluxes." Crystals 10, 1146. https://doi.org/10.3390/cryst10121146.
- Developing Synchrotron Serial Crystallography methods for MOFs, POMs and small unit cell crystals.
- de Zitter et al. (2024) "Elucidating metal–organic framework structures using synchrotron serial crystallography." CrystEngComm, advance publication. https://doi.org/10.1039/d4ce00735b.
Données techniques
- Energy range
-
6 - 18 keV
- Energy Resolution
-
~0.0002 (Si 111)
- Source
-
Onduleur "canted" U24 (4.5 mrad)
- Flux @ first optical element
-
Faisceau blanc/rose
- Optics
-
Monochromateur "channel-cut" refroidit par l'azôte liquide, (miroir convxe prefocalisant), miroirs focalisants en configuration Kirkpatrick-Baez.
- Polarization
-
Linéaire
- Detectors
-
EIGER X 9M area detector for X-ray diffraction images (238 fps in 9M mode, 750 fps in 4M mode)
Ketek SDD detector for X-ray fluorescence scans
Diamond scCVD and Ti foil XBPMs
High resolution X-ray camera (SOLEIL in-house design)
Thématiques scientifiques
| Micro-crystallography | Small and weakly diffracting crystals |
|---|---|
| SAD and MAD phasing | Phasing with a range of heavy atoms, including sulphur |
| Plate screening | Screening of crystallization trays |
En recherche interne à SOLEIL, la ligne de lumière PROXIMA-2A est rattachée à la section scientifique :
| Section scientifique SOLEIL | Biologie, santé, Héliobio |
|---|
Mise à jours
2023-05-26 Nouveau server pour l'acces à distance, nouvelle station de travail MXCuBE et nouvelle documentation
- Il y a un nnouveau server pour l'acces à distance: remote.synchrotron-soleil.fr:4000, protocol NX.
- Il y a aussi une nouvelle station de travail MXCuBE: proxima2a-pc4
- Voici la documentation mise à jour:
2023-01-20 Presentation du Tutoriel de PROXIMA 2A
- PROXIMA 2A Tutorial: Best Practices in the use of Micro-beams in Macromolecular Crystallography - SOLEIL Users Meeting (SUM2023), 20 Jan 2023, Synchrotron SOLEIL, Gif-sur-Yvette, France
2022-10-11 HDF5 structure & fix_transformation_negative.py
- Un bug avec le fichier master HDF5 de l'EIGER X 9M est lié à un valeur négatif dans la transformation du detecteur - specifiquement /entry/instrument/detector/transformations/translation[2]
- Le command sur la machine process1 pour corriger la valeur negatif est:
- fix_transformation_negative.py my-project_master.h5
- Notez ce command modifies directement le parametre dans le fichier master HDF5, il ne crée pas un nouveau copie. Si la parametre est deja positif, il reste positif.
- XIA2 et DIALS doivent fonctioner à nouveau maintainant
2022-06-13 ADXV & ALBULA
- ADXV et ADXV_FOLLOW sont disponibles pour visualiser les images de diffraction. Dans ADXV, il faut d'abord cliquer sur le fichier MASTER pour telecharger les parametres de la collecte (distance, longueur d'onde, centre du faisceau, etc...). Les commandes sont :
- adxv
- adxv_follow
- Avec les modifications de la format HDF5, ALBULA n'affiche pas tous les images de diffraction sur la sation de travail proxima2a-10. Pendant qu'on resoudre la probleme, merci d'utiliser ADXV et ADXV_FOLLOW.
2022-06-13 Generation automatique des fichiers CBF
- Des fichiers CBF sont automatiquement generés et stockés dans le sous-reproratoire ${prefix}_cbf.
2022-06-02 EIGER Firmware Update
- Suite à une mise à jour du logiciel interne de l'EIGER 9M, la structure des fichiers HDF5 a changé un peu, et le module d'extension Neggia (version 0.6) qui traites les anciens et nouveaux fichier HDF5 peut se trouver au lien suivant: https://bit.ly/dectris_neggia_0p6_linux. Contactez-nous si vous avez des problemes pour traiter les données.
- autoPROC - il devrait marcher si on utilise le bon module d'extension Neggia
- xdsme - il faut modifer deux lignes dans XIO.py:
- "import pyfive" -> "import h5py"
- self.rawHead = pyfive.File(self.fileName) -> self.rawHead = h5py.File(self.fileName, 'r')
Calendier PX2-A
Cliquer sur le lien ci-dessous pour voir les dates du temps de faisceau-X disponible sur PX2-A:
- AP36 (septembre 2025 - mars 2026) cliquer ici, ou http://tinyurl.com/PROXIMA-SOLEIL-AP36
Tutoriels & Guides
Tutoriels
Lisez le tutoriel de PROXIMA 2A (SUM 20-21 janvier 2023):
Guides
Voir aussi les sections Posters & Presentations et DOWNLOADS à la fin de la page.
Avant de visiter PX2-A
Merci de contacter votre "Local Contact" avant votre session.
- Combien des échantillons?
- Prevoir 2 heures par Uni-puck (16 SPINE pins)
- 1 shift = 8 heures = 4 Uni-pucks
- 2 shifts = 16 heures = 8 Uni-pucks
- Prevoir 2 heures par Uni-puck (16 SPINE pins)
- Quels longueur d'ondes, energies ou derivés d'atomes lourdes?
- Energie nominale de la ligne = 12.650 keV
- Gamme d'energie : 6 - 18 keV
Dewars
Il y a DEUX moyens pour transporter les Dewars vers SOLEIL:
- déposer/enlever à la main au Magasin de SOLEIL
- pour les labos en Ile-de-France
- livrer/enlever par un transporteur avec BORDEREAUX PRÉ-PAYÉS (DHL, FEDEX, UPS, etc...)
- pour les labos français hors Ile-de-France
- pour les labos hors France
Les transports des Dewars pouront etre prepayés par SOLEIL ou iNEXT Discovery (SOLEIL vous enverra les bordereaux prépayés):
- pour les labos français hors Ile-de-France par SOLEIL jusqu'au trois (3) Dewars par session (que la session soit 1, 2 ou 3 shifts)
- Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
- numero de projet SOLEIL (e.g. 20191234)
- numero de la session (e.g. #3)
- Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
- pour les labos hors France par iNEXT Discovery jusqu'un (1) Dewar par session (que la session soit 1, 2 ou 3 shifts)
- Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
- numero de projet SOLEIL (e.g. 20191234)
- numero PID d'iNEXT (e.g. PID 13476)
- numero de la session (e.g. #3)
- Contacter le User Office de SOLEIL (UserOffice@synchrotron-soleil.fr)
Le contenu de Dewar:
- UN BORDEREAUX PRÉ-PAYÉ POUR LE RETOUR.
- une disque dur externe (HDD 1-2 To) pour le REMOTE ACCESS
Envoyez les Dewars aux Local Contacts (l'un des scientifiques ci-dessous):
- Willima SHEPARD (Responsable ligne de lumière)
- Serena SIRIGU
- Martin SAVKO
Les numéros de téléphones de la ligne de lumière PROXIMA 2A (pour le transport des Dewars):
- +33-1-6935-8180 (fixe)
- +33-1-6935-8181 (sans-fils)
L'addresse de SOLEIL:
PROXIMA 2A
Synchrotron SOLEIL
L'Orme des Merisiers
Départementale 128
91190 SAINT-AUBIN
FRANCE
Merci de prevenir votre Local Contact, puisqu'il(elle) pourrait remplir votre Dewar avec de l'azôte liquide quand il arrive!
Accès à Distance (Remote)
Acces à Distance (Remote)
Attention! Le server NoMachine et la station de travail MXCuBE ont changé depuis avril 2023:
- En bref pour connecter via NoMachine
- Créer ou ouvrir une connection NoMachine
- SERVER = remote.synchrotron-soleil.fr
- PORT = 4000
- PROTOCOL = NX
- Se logger avec votre identifiant du projet et mot-de-passe
- Connecter à la nouvelle station de travail: proxima2a-pc4
- Ouvrir une session "Custom Session" (non pas "Physical Display")
- Quand la fenetre terminal-X apparaisse, vous pourriez changer le "keyboard map" du clavier. Tapper:
- setxkbmap fr [si votre clavier est AZERTY]
- setxkbmap us [si votre clavier est QWERTY]
- Tapper CNTL-SHIFT-T pour ouvrir un nouveau onglet / terminal-X
- Tapper dans quatre onglets distinct
- mxcube
- firefox -P
- albula ou adxv_follow
- ssh -X process1
- Créer ou ouvrir une connection NoMachine
Sinon, merci de lire la documentation disponible (en anglais) par le lien :
- https://drive.google.com/file/d/1cKLEgct9CGid8n5vA2bDEsgAVQq2eXte/view?usp=share_link
- L'ancien version est ici:
- https://drive.google.com/file/d/1J-Ez8_sGF3k28khLhSgAEF9Mrs7pKVy7/view?usp=sharing
- L'ancien version est ici:
Verifier que vous avez les equipement suivants:
- une version recent de NoMachine
- une bonne connection internet (ADSL ou fibre optique)
- Un clavier QWERTY
- sinon utiliser le command "setxkbmap fr"
- un souris à trois (3) boutons pour le centrage des cristaux
- un écran haute resolution (2560 * 1440 pixels)
Pour tester la connection avant votre session sur PROXIMA 2A
- Contacter l'equipe de la ligne pour organiser une session test
Pour connecter à distance:
- Connectez-vous via NoMachine
- HOST: remote.synchrotron-soleil.fr
- PORT = 4000
- PROTOCOL = NX
- Se logger sur remote.synchrotron-soleil.fr avec votre numero de projet et son mot-de-passe, par exemple:
- User name = 20230123
- Password = 43jR89pL67QX
- Choisir le station de travail :
- proxima2a-pc4
- Connecter via "Custom Session "
- Attendez qu'un gnome terminal apparaisse :
- Creer quatre onlets, <shift-cntl-t>
- Lancer les commandes dans les onglets
- firefox -P
- mxcube
- adxv_follow ou albula
- ssh -X process1
==========================
DewarsLabel your Dewar properly
Your name, address & email
Project Number
Beamline
Local Contact or BL Manager
Include the following with your Dewar
a Hard Disk Drive (HDD 1-2 TB)
a Return Shipping Label or Transporter Account Number
Send or drop off your Dewar, which must arrive:
either 24 hours before your session
or the Friday morning for weekend sessions
Dewars may be dropped off at the SOLEIL gate
Types des echantillons
PROXIMA-2A prends tous les echantillons - les grands comme les petits! Et même les cristaux pas très beaux...
- grand > 10 microns
- petit < 10 microns
- pas beau = fissuré, fracturé ou agglutinés, car souvent se sont des amas des micro-cristaux!
Types des port d'echantillons :
Robot CATS - Uniquement des pins du type SPINE dans des Uni-pucks
- l'echangeur du CATS peuvent contenir jusqu'au neuf (9) uni-pucks, et chaque uni-puck peut contenir 16 SPINE pins, dont un total de 144 pins pour le grand Dewar du CATS sur PX2-A
- Les pins SPINE sont disponibles chez Hampton, Mitegen & Molecular Dimensions
- longueur du pin = 22 mm (du boucle au base)
- deplacement horizontale possible du goniometre = -25 to +5 mm
Montage manuel
- Le "mini-kappa" du goniometre peut etre incliné pour permettre un transfert facile sous cryogenie:
- Mettez omega = 0° and kappa = 30 - 60°
- Un video expliquant le transfert des echantillons dans les fioles (vials) vers les Uni-pucks.
- Un video demontrant comment utiliser un "dry shipper" et comment recuperer les echantillons :
Pendant vos experiences
- Debut & fin pour les seesions sur PROXIMA-2A :
- trois (3) shifts = 8h30 – 8h00 (le lendemain)
- deux (2) shifts = 16h30 - 8h00 (le lendemain)
- un (1) shift = 8h30 - 16h00
- L'equipement & accessories disponible aux utilisateurs:
- Microscopes, pins SPINE, boucles & wands for fishing crystals
- Materiel pour la cryogenie - azôte liquide, Dewars pour manupler les uni-pucks, cryo-tongs, gants, etc...
- TOUS LES EQUIPEMENT DOIVENT RESTER SUR PROXIMA 2A!
- Les acquisitions des données sont faites via MXCuBE , voir le lien ci-dessous pour le guide (PX2-A MXCuBE Users Guide):
- Les fonctionalités
- Verification de la position du faisceau-X (BeamCheck)
- Transfert des echantillons (MOUNT & UNMOUNT)
- Centrage des cristaux
- Collectes des données cristallographiques
- Changement de l'energie du faisceau-X
- Spectra XFE et balayage d'energie
- Collectes SAD & MAD
- Collectes helicoidales
- Balayages GRID et MESH
- Energies du faisceau-X disponibles
- 6 – 18 keV
- Seuils d'absorption disponibles
- K-edges Cr – Zr
- L3-edges Ce - U
- Temps typiques des collectes
- Minimum exposure time 4.2017 ms per frame (238 fps), nominal exposure time 4.5 ms per frame (222 fps)
- 16.2 s per nominal data collection rate (4.5 ms par image, 0.1 degrees par image, 3600 images)
- Attention: les 16.2 s n'inclus pas le mis en place du beamstop, movement du detecteur, ouverture de l'obturateur, etc...
- Les parametres de default sont bien pour le plupart des cristaux
- Pour visualiser les images de diffraction-X
- ALBULA
- ADXV
- Traitement des images de diffraction-X
- XDSME
- autoPROC
- XIA2
- Horaires d'ouverture de la cantine
- Lundi - Vendredi :
- Petit dejeuner = 7:30 - 9:00 ,
- Dejeuner = 11:45 - 13:45
- Dîner = 19:00 - 21:00 (fermature 21:30)
- Weekends (Samedis et Dimanches) & Jours de fetes :
- Petit dejeuner = 7:30 - 9:00
- Dejeuner = 12:30 - 13:30
- Dîner = 19:00 - 21:00 (fermature 21:30)
A la fin de vos experiences
- Repatriation des données
- Telecharger vos données sur une disque dur externe via un port USB3 ou USB2
- Si possible, utiliser le script automatisé "altsync" (cntrl-C pour l'arreter et puis demounter le disque externe).
- Uniquement les petites volumes des données (e.g. fichiers MTZ) peuvent etre telecharger chez vous via le systeme" SOLEIL Data Retrieval"
- Enlever l'echantillon du goniometre, enveler tous les uni-pucks et fermer les couvercles du CATS
- Signer le "Safety Approval Sheet"
Important:
- Merci de nous dire vos reactions et remarques pour améliorer PROXIMA 2A!
- Merci de nous envoyer des images, diaposatifs, publications de vos resultats!
Recuperation des données via GLOBUS
Vous pouvez telecharger vos données via GLOBUS. Voici quelques conseils:
- consulter la documentation GLOBUS (mis à jour le 22 juin 2023)
- utiliser une connection internet assez rapide
- e.g. Free Box avec fibre optique
- compter 40 minutes pour 100 GB
- e.g. Free Box avec fibre optique
- arreter le VPN qui bloque le telechargement du cle de securité GLOBUS
- e.g. SecurePulse
- utiliser votre compte ORCID
- e.g. ORCID #0000-0001-2345-6789, si vous ne le avez pas, créer un.
- il faut le user_id de votre compte projet SOLEIL
- e.g. 20220123 [we02LK98]
- Desactiver les Screen Saver et le Power Nap
- Ils peuvent interrompre le telechargement
- IMPORTANT: Après le transfert des données, merci de rappeler de deconnecter votre lien (data link)!!!
- "Unable to link identities" .... "20220123@re-globus-01.synchrotron-soleil.fr is already linked to 0000-0001-2345-6789@orcid.org, you must unlink it..."
- Voir la fin de la Section 7 de la documentation de Globus.
Documents à télécharger
La structure du site de fixation anticorps/virus a été résolue grâce à des données obtenues sur les lignes PROXIMA-1 et PROXIMA-2A
Structure cristallographique d’une partie du système de sécrétion de type VI résolue sur PROXIMA-1
Parmi les multiples systèmes utilisés par les bactéries pour survivre et se multiplier, le « T6SS », système de sécrétion de type VI, est l’un des principaux chez les bactéries dites Gram négatif, qui incluent de nombreuses espèces potentiellement pathogènes pour l’Homme (ex : E. coli, P. aeruginosa).
La bactérie gastrique pathogène Helicobacter pylori, responsable de la majorité des ulcères gastro-duodénaux et des cas de cancer de l’estomac à travers le monde, est hautement adaptée à survivre dans l’estomac humain. L’une de ses importantes stratégies de survie implique de se fixer étroitement à la muqueuse de l’estomac, à l’abri des sucs gastriques. Pour ce faire, H. pylori adhère aux molécules de polysaccharides constituant les antigènes des groupes sanguins du mucus gastrique et des cellules sous-jacentes.