Entretien avec Jean Boutin

Nous sommes utilisateurs du rayonnement synchrotron depuis environ 5 ans. Nous faisons appel à des sociétés spécialisées dans la cristallographie des macromolécules, qui se chargent pour nous de résoudre, grâce à des expériences de diffraction des rayons X, la structure 3D de complexes protéines cibles / principes actifs potentiels que nous leur fournissons. C’est une utilisation classique dans le processus de mise au point de nouveaux principes actifs rentrant dans la composition de nouveaux médicaments. Ces synchrotrons que nous avons utilisés jusqu’à ce jour se trouvent en général à l’étranger.

Dans le cadre des recherches en chimie médicinale, nous voulons toujours obtenir le maximum d’informations sur la nature de l’interaction entre la molécule (candidat médicament) et sa cible. Les données structurales apportées par les expériences de diffraction des RX sont bien sûr cruciales et permettent de guider les chimistes qui conçoivent ces molécules, de façon presque ‘visuelle’. Des performances accrues des lignes de lumière sollicitées permettraient d’améliorer encore les indications fournies par les images 3D, en améliorant leur résolution - le but étant d’augmenter le niveau de puissance – et peut-être de sélectivité de ces candidats médicaments.
Des recherches sont également envisageables et envisagées à la fois en amont et en aval dans le processus d’obtention de nouvelles molécules, notamment pour caractériser les formes cristallines des produits purs, sous forme de poudres, grâce à des techniques comme le SAXS. Par ailleurs, nos premiers échanges les équipes de SOLEIL nous ont permis d’entrevoir le potentiel des différentes lignes de lumière, qui ne se limitent pas au domaine des RX : des expériences utilisant d’autres gammes de longueurs d’onde pourraient compléter les études plus classiquement réalisées.

Notre souhait serait d’élaborer un projet commun autour d’une protéine cible dont l’étude est rendue difficile par exemple du fait de l’existence de plusieurs conformations de la molécule, ou dont les mécanismes de régulation sont particulièrement complexes. Ce projet irait au-delà de la structure 3D de la protéine. Nous pensons notamment à l’étude sur cellules vivantes, par exemple, par imagerie confocale de chromophores fluorescents, qui représente certainement un outil adapté au type de recherche que nous menons.

En fait, le facteur limitant pour l’instant est que nous avons du mal à définir précisément comment optimiser l’utilisation d’études sur synchrotron dans le cadre de nos recherches. En améliorant notre compréhension des potentialités des interactions photons / matière, nous pourrons nous approprier les outils et les intégrer à nos démarches expérimentales. Pour ce faire, des informations sur l’apport de chaque technique disponible – données dans un langage adapté à l’utilisateur – représentent une aide précieuse.

Outre l’intérêt de disposer d’un synchrotron à proximité de nos centres de recherches, nous sommes convaincus de l’étendue de la gamme des techniques et de la puissance de l’outil. Il reste à trouver l’adéquation avec les questions que nous nous posons, voire avec celles auxquelles nous n’avions pas pensé !