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La branche SRCD de la ligne DISCO propose une station de mesure du dichroïsme circulaire dans l’ultraviolet violet basée sur l’absorption du rayonnement synchrotron.
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Avantages du SRCD
L’utilisation du rayonnement synchrotron permet d’étendre vers les basses longueurs d’onde le domaine spectral en comparaison avec un appareil de laboratoire. Typiquement, un appareil de laboratoire permet d’atteindre 190 nm alors que l’utilisation rayonnement synchrotron peut permettre d’aller jusqu’à 160 nm, voir figure 1. Au delà, les solvants deviennent opaques.
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Figure 1 d'après Wallace, B.A. and Janes, R.W. (2001) SRCD Spectroscopy of Proteins: Secondary Structure, Fold Recognition and Structural Genomics. Curr. Opin. in Chemical Biology, 5: 567-571
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La grande brillance (ou luminance) du rayonnement synchrotron permet de travailler sur des échantillons turbides ou opaques.
Informations utiles
Les échantillons sont chargés dans des cellules de CaF2, matériau transparent dans le VUV. Les trajets optiques vont de 2,5 μm à 50 μm.
En règle générale, plus l’échantillon sera concentré, plus le trajet optique sera faible et plus les petites longueurs d’onde seront accessibles.
Les concentrations typiques vont de 0,1 à 10 mg/ml.
On utilise quelques microlitres suivant le trajet optique choisi : de 0.5 μl à 15 μl pour les cellules de 2.5 μm et 50 μm, respectivement.
Certains tampons et sels absorbent dans l’UV et sont donc à remplacer. La tableau ci-dessous, adapté de Franz X. Schmid, p. 251 « Protein structure – a practical approach », IRL Press, Oxford 1989, donne les absorbances de sels et tampons à 0.01 M dans des cellules de 0,1 cm.
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| Substance | | transparent
jusqu'à | abs 200 nm | abs 180 nm |
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| | | | | | | | NaClO4 | | 170 nm | 0 | 0 | | NaF, KF | | 170 nm | 0 | 0 | | Ac. Borique | | 180 nm | 0 | 0 | | NaCl | | 205 nm | 0.02 | >0.5 | | Na2HPO4 | | 210 nm | 0.05 | >0.5 | | NaH2PO4 | | 195 nm | 0 | 0.15 | | Na Ac. | | 220 nm | 0.17 | >0.5 | | Glycine | | 220 nm | 0.1 | >0.5 | | Diethyl Amine | | 240 nm | >0.5 | >0.5 | | NaOH | | 230 nm | >2 | >2 | | AcideBorique-NaOH | | 200 nm | 0 | 0.3 | | Tricine | | 230 nm | 0.44 | >0.5 | | Tris | | 220 nm | 0.13 | >0.5 | | Hepes | | 230 nm | 0.5 | >0.5 | | Pipes | | 230 nm | 0.5 | >0.5 | | Mops | | 230 nm | 0.34 | >0.5 | | Mes | | 230 nm | 0.3 | >0.5 | | Cacodylate | | 210 nm | 0.2 | >0.5 |
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